教程(二十一)：几何结构优化中如何固定部分原子

几何结构优化中如何固定部分原子

（一）引言：

在几何结构优化时，我们有时需要固定某些原子以达到研究的某种目的。比如，研究表面化学问题时，常常固定材料基底；使用ONIOM模型时，也会将低层的原子坐标进行固定，等等。本文将介绍如何固定原子坐标。

（二）设置过程：

1. 方法一：笛卡尔坐标前加入“-1”标志

• 软件版本Gaussian 16, GaussView 6。

• 以甲烷分子为例，首先绘制一个甲烷分子。然后保存为输入文件，然后使用写字板（或者其它文本编辑器）打开输入文件，显示如下：

• 如果需要固定某个原子，则在笛卡尔坐标前加入“-1”标志即可。比如，本例假设需要固定的原子为1号C和2号H，则输入文件格式如下图所示：

2.   方法二：使用Opt=ReadOpt关键词指定

• 此关键词意思是读入需要优化的原子，默认是全部优化的。如果需要固定某些原子，则使用NotAtoms参数来指定。例如上例需要固定1号C和2号H，则输入文件为：

• 用opt=readopt来设置往往比方法一的做法方便得多。关于此关键词更多的用法，可以参考Gaussian官网相关内容：http://gaussian.com/opt/