教程(二十二)：GaussView使用技巧-如何将指定区域原子进行固定

GaussView使用技巧-如何将指定区域原子进行固定

（一）引言：

在计算时，有时由于某些特殊原因，我们选择不进行全局优化，而选择固定某些原子进行局部优化。固定原子进行局部优化的方法有多种，比如前文介绍的在原子坐标前加“-1”进行固定（教程二十一），也可以通过关键词 opt=readopt 进行固定。但是，在体系较大时，如果想对某一个区域进行固定，上述两个方法就显得比较繁琐。本文将介绍GaussView对指定区域原子进行固定的方法。

（二）操作过程：

   1.   复合物

• 软件版本Gaussian 16, GaussView 6。

• 本文以掺C氮化硼为底物，二苯并噻吩为吸附物的体系为例（实际体系可能更大），介绍如何使用GaussView对掺C氮化硼进行固定（即固定侧视图中的下半部分）。

俯视图	侧视图

    2.   用图标选中需要固定的区域。

3.    打开ToolsàAtom Groups 面板

n   第1步，选择Atom Group Class中的Freeze功能；第2步，光标选择Group ID中的第二行（此时呈黄色）；第3步，选择Group Actions中的Add Selected atoms to “Freeze(Yes)”选项。

n 操作结束后，可以看到Atom Tags下，第二行就已经把选择的原子都冻结了。

4.    点击OK，然后保存为输入文件，然后查看输入文件内容：

%mem=16GB

%nprocshared=8

%chk=DBT-N-34543.chk

# opt b3lyp/6-31+g(d) guess=readempiricaldispersion=gd3

Title Card Required

0 1

H              -1    1.84790600   -7.31236800   -0.35293500

H              -1   -0.65330800   -7.25267200   -0.45615400

H              -1   -2.91775500   -6.10200800   -0.59875600

H              -1   -5.17444700   -4.93804400   -0.73778600

H              -1   -6.68370000   -2.94587600   -0.88834900

H              -1   -6.79952300   -0.43337600   -0.96923400

H              -1   -6.93629800    2.07949300   -0.97982300

H              -1   -5.63341600    4.21769100   -0.93698100

H              -1   -3.50468900    5.60584500   -0.88543500

H              -1   -1.36832300    6.98228400   -0.81587300

H              -1    1.11378500    7.29656100   -0.70034900

H              -1    3.34889500    6.14177600   -0.59137600

H              -1    5.59161000    5.00420800   -0.47651200

H              -1    6.79134200    2.80689700   -0.42105500

H              -1    6.92792500    0.26867500   -0.39285300

H               -1   7.04878400   -2.26992300   -0.32874900

H              -1    6.07665800   -4.57778100   -0.29152400

H              -1    3.95841400   -5.93800100   -0.33538100

B              -1   -1.26936900   -0.15315200   -0.84621000

N              -1    1.62077100   -0.00619300   -0.74762600

N              -1   -0.60928200    1.13414200   -0.84986200

B              -1   -1.14494800   -2.65289000   -0.74941200

B              -1    3.06140400    0.06811100   -0.65853400

B              -1   -3.37392800   -1.51245600   -0.86919700

B              -1    3.31277200   -4.93760900   -0.42311000

B              -1    5.41647800   -3.58547400   -0.37593400

N              -1   -0.20640500   -6.34434000   -0.49090100

N              -1    3.97377100   -3.65875400   -0.45824600

N              -1    6.03844400   -2.30516600   -0.39163100

N              -1   -2.45433300   -5.20180400   -0.63856100

N              -1    3.84756300   -1.14872200   -0.58761500

N              -1    5.91864500    0.21602700   -0.46546100

N              -1   -4.69589300   -4.04603400   -0.77285500

N              -1   -2.59058500   -2.72728300   -0.80258200

N              -1    3.72064000    1.35937800   -0.63697000

N              -1    5.78296400    2.73724000   -0.48640300

B              -1    5.03466900    3.94804100   -0.52258500

B              -1   -5.60687200   -0.37274000   -0.94868200

B              -1    2.80652800    5.07922100   -0.64049300

N              -1   -2.71476500   -0.22728900   -0.89857000

N              -1    1.49269900    2.49935200   -0.75425100

N              -1    3.59276400    3.87242300   -0.61116200

N              -1   -4.95566100    0.91024500   -0.95289000

N               -1   -2.84137800    2.27433200   -0.90850100

N              -1    1.37139800    5.01004900   -0.72429200

B              -1   -5.74206700    2.12316800   -0.95888000

B              -1   -3.63046500    3.49107400   -0.91161200

B              -1   -1.52241900    4.85744700   -0.85469800

B              -1    0.58577400    6.22544900   -0.74365200

N              -1   -5.06845700    3.37703900   -0.93097700

N              -1   -2.95364800    4.75555900   -0.88708600

N              -1   -0.83205000    6.12306100   -0.81150100

C                0   -1.30421800   -0.34182500    2.48781100

S                0   -0.73063300    2.24583200    2.55431500

C                0    0.14597100   -0.25667000    2.53470000

C                0    0.59941900    1.08319100    2.56537600

C                0    1.96265400    1.39194100    2.58916800

H                0    2.29880500    2.42503200    2.58881200

C                0    2.88259300    0.34485500    2.59174500

H                0    3.94609500    0.56713400    2.59016700

C                0    2.44919100   -0.99148800    2.57044800

C                0    1.09124000   -1.29391200    2.53961200

H                0    3.18091700   -1.79416600    2.55416500

H                0    0.76241000   -2.32901400    2.50172900

C                0   -1.91301800    0.93547300    2.48888900

C                0   -3.30233900    1.08182900    2.43236400

H                0   -3.75746200    2.06802300    2.41390000

C                0   -4.09054100   -0.06635300    2.37908600

C                0   -3.50230800   -1.34243700    2.37987600

C                0   -2.11899900   -1.48273900    2.43115600

H                0   -4.13216600   -2.22529400    2.31837400

H                0   -1.66821300   -2.47131100    2.41002800

H                0   -5.17086700    0.02935000    2.31749000

C              -1   -3.49922600    0.98636900   -0.91857000

C              -1   -1.39442200    2.34953500   -0.87145300

C              -1   -0.73501300    3.64017700   -0.85774400

C              -1    0.70566900    3.71323000   -0.78073300

C              -1    2.93429200    2.57198300   -0.67076300

C              -1    5.16453500    1.43531800   -0.53265600

C              -1    0.96075700   -1.29280000   -0.72901600

C              -1   -0.48324400   -1.36840600   -0.78878200

C              -1    0.83400300    1.20755400   -0.78443200

C              -1    1.74615200   -2.51042800   -0.64791000

C              -1    3.18809600   -2.43442400   -0.57006000

C              -1    1.08518400   -3.79495700   -0.59670200

C              -1    1.87618000   -5.01556000   -0.48722800

C              -1    1.21569500   -6.30210700   -0.43824300

C              -1   -1.02114400   -5.15869200   -0.59188600

C              -1   -0.35892100   -3.86801200   -0.64292300

C              -1   -3.25446100   -4.01429100   -0.74041700

C              -1   -5.49142700   -2.86810000   -0.86174200

C              -1   -4.83032200   -1.58375400   -0.90670200

C              -1    5.29181800   -1.07452300   -0.48459200