教程(二十六):稳态和过渡态优化中如何消除多余虚频

发表时间:2021-07-12 21:10作者:李宏平/绎模科技

稳态和过渡态优化中如何消除多余虚频


(一)引言

从原理来讲,稳态无虚频、过渡态有且仅有1个虚频(此虚频在log文件或GaussView中以负值的形式体现)。在几何结构优化过程中,我们经常遇到稳态和过渡态有多余虚频存在的情况。本文将以二甲醚(CH3-O-CH3)稳态结构优化为例,介绍一种简单、有效的消除多余虚频的方法。


(二)计算过程

1. 二甲醚分子构建

  • 软件版本Gaussian 16, GaussView 6

  • 计算方法 # B3LYP/6-31G(d)   Opt Freq

  • 假设构建二甲醚分子结构如下:


2. 创建输入文件(ch3-o-ch3.gjf),提交作业。输入文件内容如下:

    %nprocshared=4

    %mem=1GB

    %chk=ch3-o-ch3.chk

    #opt freq b3lyp/6-31g(d)

    Title Card Required

    01

    C                 -2.91415654    1.73192769    0.00000000

    H                 -2.55750211    0.72311768    0.00000000

    H                 -2.55748370    2.23632588    0.87365150

    H                 -3.98415654    1.73194087    0.00000000

    O                 -2.43748162    2.40602994   -1.16759033

    C                 -1.96080670    3.08013219   -2.33518066

    H                 -1.36635920    2.40759138   -2.91760749

    H                 -2.79302502    3.41639881   -2.91762158

    H                 -1.36636317    3.92080440   -2.04396401


3. 使用GaussView或文本编辑器打开输出文件(ch3-o-ch3.log),发现优化得到的结果存在两个虚频(如下图所示)。

  • 使用GaussView查看虚频的步骤:主界面àResultsàVibrations


4. 虚频的消除

  • 选定第一个虚频,然后勾选Manual Displacement进行手动调整结构。把拉杆图标移到最右边,然后点击Save Structure(下图右)。

                    



5. 重新设定计算方法,提交作业(ch3-o-ch3-reopt.gjf)。输入文件内容如下:

    %nprocshared=4

    %mem=1GB

    %chk=ch3-o-ch3-reopt.chk

    #opt freq b3lyp/6-31g(d)

    Title Card Required

    01

    C                  0.00000000   -0.21000000    1.36944100

    H                  0.00000300    0.71779000    2.02145900

    H                 -0.90009300   -0.81389200    1.65145900

    H                  0.90009000   -0.81389800    1.65145900

    O                  0.00000000    0.43000000    0.00000000

    C                  0.00000000   -0.21000000   -1.36944100

    H                 -0.00000300    0.71779000   -2.02145900

    H                  0.90009300   -0.81389200   -1.65145900

    H                 -0.90009000   -0.81389800   -1.65145900


6. 使用GaussView或文本编辑器打开输出文件(ch3-o-ch3-reopt.gjf),发现优化得到的结果虚频已消除。


7. 总结

  • 从本例可以看出,分子的初始结构构建是非常重要的,最开始的二甲醚结构中C-O-C键角为180度,从结构化学的角度来看,该分子结构应该类似于H2O结构,为折线型分子。因此本例中初始结构不合理是造成出现虚频的主要原因。实际研究中,分子结构非常复杂,在出现虚频时应该首先检查初始结构是否合理。

  • 本例中有2个虚频,使用GaussView查看其振动方式,可以看出它们是相关的。因此,消除其中一个虚频,很大概率另外一个也会自然消除。实际研究中,一般也是使用逐个虚频消除的策略。

  • 过渡态多余虚频的消除方法也类似,例如搜索过渡态时出现2个虚频率,其中1个虚频对应着反应进行的方向,而另外一个虚频与反应方向无关。此时,我们只要消除后者即可。


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